Die Orgel als Pfeifeninstrument kennt man seit der Antike. Sie diente der Unterhaltung in Zirkus und Theater und im häuslichen Bereich der mondänen antiken Gesellschaft. Durch die Schenkung eines byzantinischen Kaisers kam sie im 8. Jahrhundert ins Frankenreich und wurde so auch im Westen bekannt.
Gegen anfängliche Bedenken hat sie sich in der westlichen Tradition schließlich für die Begleitung der Sakralmusik durchgesetzt. Sie diente zunächst der Begleitung der gregorianischen Kirchenmusik. Erst ab der Neuzeit und in der Folge der eigenständigen, schöpferischen Tradition protestantischen Kirchengesangs entstand zunehmend auch eine eigenständige Orgelmusik. In manchen Mönchsorden, etwa in der Kartause, verzichtet man bis heute auf die Orgel zugunsten einer reinen Vokalmusik. Auch in der ostkirchlichen Tradition wird die instrumentelle Begleitung des liturgischen Gesanges bis heute prinzipiell abgelehnt.
Im Wiener Stephansdom sthet mit der Riesenorgel die größte Orgel Österreichs. Sie wurde nach einer mehrjährigen Renovierung im Oktober 2020 neu gesegnet und in Betrieb genommen.
Das Diözesankonservatorium für Kirchenmusik am Stock im Eisenplatz bietet eine Ausbildung für Organisten an.
